Sous Linux la gestion des fichiers s'articule autour de dossiers et sous-dossiers qui contiennent tous les fichiers appartenant au système ou aux utilisateurs de la machine. Tous les dossiers de “premier” niveau sont considérés comme appartenant à un dossier unique portant pour nom “/”, oralement appelé racine du système de fichiers. Lors de l'installation tous les dossiers “appartiennent” aux systèmes, seul le dossier /home sera consacré, réservé, aux différents utilisateurs de la machine. Chaque utilisateur dispose d'un dossier de la forme /home/pseudo et peut y organiser ses données comme il l'entend et il est le seul à y avoir accès.
Linux est un système d'exploitation multi-utilisateurs, cela se traduit en associant à chaque utilisateur un pseudonyme unique sur la machine. A chaque pseudonyme est associé un identificateur d'utilisateur (entier) unique pour le système. Le gestionnaire de la machine crée des identificateurs de groupes qui permettent de gérer des groupes d'utilisateurs afin de fixer des droits d'usage de logiciel ou d'accès à des dossiers et fichiers. Généralement tout utilisateur, lors de la création de son compte, dispose d'un identificateur de groupe unique et personnel qui lui permet de gérer lui même les droits de ses données (dossiers,fichiers) sans recourir à l'administrateur de la machine.
Souvent les machines ne disposent que d'un seul disque dur. Lors de l'installation de Linux, le disque est préparé pour disposer de la totalité du disque et après l'installation tous les dossiers et fichiers du disque dur sont disponibles grâce au gestionnaire du système de fichiers. Mais cette façon d'opérer n'est pas prudente car si on est amené à réinstaller le système on risque fort de perdre ses données personnelles. Pour palier à ce problème il faut disposer d'un second disque et de connecter celui-ci au dossier /home. Si l'on ne dispose pas d'un second disque il existe encore la possibilité de diviser le disque en deux parties lors de l'installation et Linux permet de considérer chacune de ces parties comme d'un disque.
Chaque partie d'un disque est appelée partition et lors de l'installation de Linux il faut veiller à disposer au minimum de deux partitions ( sur un ou plusieurs disque(s) ), la première pour le système, l'autre (ou les autres) pour les données utilisateurs. Après l'installation de Linux et à chaque démarrage du PC, chaque partition est relié directement à un lien spécial apparaissant dans le dossier /dev/. Chacun de ces liens n'est pas utilisable directement, c'est dans le fichier /etc/fstab qu'est décrit le raccordement de ces liens vers des dossiers précis qui permettent eux d'accéder aux données contenues dans les partitions. Le fait de raccorder une partition à un dossier est appelé montage